Дані про е-ТТН міститимуться у базі даних, держателем якої є Міністерство розвитку громад, територій та інфраструктури України.
Варто зазначити, що у самій базі даних е-ТТН для загальної групи товарів не зберігатимуться документи про торговельно-транспортні операції. Система не накопичуватиме дані про ціну, кількість тощо. Її завдання – зібрати метадані про е-ТТН учасників процесу перевезень, точок, з якої та в яку прямує товар, вагу товару та його групу – загальна чи спеціальна. У базі даних е-ТТН зберігається посилання на платформу ЕДО, з якої було створено е-ТТН. При цьому самі дані з е-ТТН будуть знаходитись у операторів платформи ЕДО, яких будуть обирати самі учасники вантажних перевезень.