Кваліфіковані електронні підписи (КЕП) необхідні будуть від усіх учасників процесу перевезення: для вантажовідправника, перевізника та вантажоодержувача, тобто від їх уповноважених представників.
Тобто, КЕП повинні бути в осіб-представників учасників е-ТТН, що відповідальні за здійснення господарських операцій на кожному етапі перевезення.
Щонайменше має бути один підпис (КЕП) від учасника, але є можливість накласти КЕП двом і більше представникам учасника. Наприклад, від імені вантажовідправника документ можуть підписати комірник, бухгалтер та директор.